La sintaxi bàsica descrita al document de disseny original de Markdown va afegir molts dels elements necessaris en el dia a dia, però no va ser suficient per a algunes persones. Aquí és on entra en joc la sintaxi ampliada.
Diverses persones i organitzacions es van encarregar d’ampliar la sintaxi bàsica afegint elements addicionals com taules, blocs de codi, ressaltat de sintaxi, enllaç automàtic d’URL i notes al peu. Aquests elements es poden activar utilitzant un llenguatge de marques lleuger que es basa en la sintaxi bàsica de Markdown o afegint una extensió a un processador Markdown compatible.